L’attuale sede dell’Istituto S. Apollinare si trova nel Seminario, costruito nel 1963/66 ex-novo, e inaugurato il 21 giugno 1966 come Seminario Vescovile di Forlì.
In questi 50 anni, varie sono state le destinazioni dei suoi locali.
Fino al 1973/74 accolse i seminaristi; nel 1974 furono ospitate 2 sezioni della Scuola Media Statale Sperimentale “G. Saffi” mentre nel 1979/80 fu costituita la Coop “Scuola Aperta” e si avviò il Liceo linguistico “A. Pasini”, ambedue legalmente riconosciute e la Scuola Media Libera inizialmente con sede al “Buon Pastore” fino al 1995/96.
Nasceva, anche nel 1974 la Scuola Diocesana di Teologia che nel 1985/86 divenne Istituto Interdiocesano di Scienze Religiose “Benedetta Bianchi Porro” per le diocesi di Forlì-Bertinoro e Cesena-Sarsina.
Nel 2006 fu eretta come aula distaccata dell’Istituto Santi Vitale e Agricola di Bologna, dipendente dalla Facoltà Teologica dell’Emilia-Romagna, per le diocesi di Forlì, Cesena, Faenza, Ravenna.
Nel 2009/10 l’improvviso decreto d’abolizione entro il corrente anno accademico di tutte le aule/sedi distaccate degli Istituti creò le basi per costituire un ISSR (Istituto Superiore di Scienze Religiose) che le 5 diocesi interessate, Ravenna, Cesena, Faenza, Imola e Forlì, individuarono nel seminario di Forlì per centralità, spazi, vie d’accesso e parcheggio, la struttura ideale.
Così, iniziarono i lavori di ristrutturazione e adeguamento alla nuova realtà, rinnovando l’aula magna, le aule didattiche e seminariali, climatizzate e attrezzate con strumenti informatici e multimediali, gli uffici, la biblioteca e ed il parcheggio ampliato dando il via al primo Anno Accademico nel 2010/11.